با عنایت به بند ۲ سند چشم‌انداز بیست ساله کشور (دستیابی به دانش پیشرفته، توانا در تولید علم و فناوی، ‌متکی به سهم برتر منابع انسانی و سرمایه اجتماعی در تولید ملی) و به منظور تحقق بخشی از وظایف پژوهشی کشور در بخش صنعت آب و آبفا، پژوهشکده آب و فاضلاب با سه گروه پژوهشی منابع آب، کیفیت آب و مدیریت و بهره‌وری در دانشگاه صنعتی اصفهان و مشترک بین شرکت‌های آب و فاضلاب استان اصفهان، آب منطقه‌ای اصفهان و آب و فاضلاب روستایی استان اصفهان و دانشگاه صنعتی اصفهان و با موافقت قطعی شورای گسترش آموزش عالی  وزارت علوم، تحقیقات وفناوری درحال فعالیت می باشد.

چشم انداز :

• دستیابی شرکتهای مؤسس پژوهشکده (آب منطقه‌ای، آبفا و آبفار) به جایگاه مناسب علوم و فناوری درسطح ملی از طریق نهادینه شدن پژوهش در کلیۀ ابعاد و کسب رتبۀ برتر در میان سایر شرکتهای مشابه در سطح کشور از حیث تحقیقات.
• افزایش سطح مهارتهای علمی و فنی کارشناسان شرکتهای عضو پژوهشکده
• ارتقاء زمینه تحقیقات صنعت آب و آبفا و ایجاد بستری مناسب جهت انسجام و هماهنگی پروژه‌های کاربردی شرکتها و پرهیز از انجام پروژه‌های تکراری و موازی در سطح استان و کشور

اهداف :

• توسعه دانش، تکنولوژی و پژوهش‌های مرتبط با صنعت آب و آبفا
• کمک به حل مسائل، تنگناها و مشکلات صنعت آب و آبفا
• ارتقاء فرهنگ پژوهش و نوآوری در صنعت آب و آبفا
• تسهیل ارتباط علمی- پژوهشی فی مابین شرکت‌ها و مراجع مرتبط ملی و بین‌المللی
• رعایت پژوهش مداری در سیاست‌گذاری، برنامه‌ریزی و تصمیم‌گیری در فعالیت‌های شرکت‌ها
• ارتقاء کمی و کیفی و تسهیل در فرآیند نیازسنجی، تعریف، تصویب، انجام و اجرای پروژه‌های تحقیقاتی
• توانمند‌سازی پژوهشگران و نیروهای متخصص از طریق انجام پروژه‌های تحقیقاتی و یا پایان‌نامه‌های دانشجویی تحصیلات تکمیلی (مرتبط با صنعت آب و آبفا)
• ایجاد بستری مناسب به منظور تجاری‌سازی دستاوردهای پژوهشی صنعت آب و آبفا و رفع نیازمندی‌های مرتبط با این صنعت در سایر صنایع
• دستیابی شرکت‌ها به جایگاه مناسب علوم و فناوری (در سطح کشور و منطقه) از طریق نهادینه شدن پژوهش در کلیه ابعاد
• افزایش سطح مهارت‌های علمی- فنی شرکت‌ها

گروه‌های تخصصی

• گروه تخصصي منابع آب
• گروه تخصصي کیفیت آب
• گروه تخصصي مدیریت و بهره وری

ماموریت :

• مشارکت در فرآیند تصمیم‌سازی‌ها و سیاستگذاری‌های کلان صنعت آب و آبفا
• انجام کلیه فرآیندهای عملیاتی طرح‌های تحقیقاتی کلان در صنعت آب و آبفا
• بررسی و شناسایی نیازهای پژوهشی (نیاز سنجی تحقیقات) در کلیه زمینه‌های مرتبط با صنعت آب و آبفا (تعریف طرح‌های ملی) و معضلات و مشکلات مبتلابه شرکت‌ها (تعریف طرح‌های خاص منطقه‌ای)
• نهادینه کردن فرهنگ پژوهش و نوآوری در صنعت آب و آبفا
• توانمند سازی پژوهشگران و نیروهای متخصص از طریق انجام پروژه های تحقیقاتی و پایان نامه های دانشجوئی تحصیلات تکمیلی.
• ایجاد بسترهای مناسب به منظور تجاری سازی دستاوردهای پژوهشی صنعت آب و آبفا
• ایجاد زمینه مناسب برای ارتقاء سطح کیفی فعالیت‌های پژوهشی در جهت انجام پژوهش‌های بنیادی، کاربردی و توسعه‌ای
• انتقال تجارب سایر کشورها در زمینه‌های مرتبط با صنعت آب و آبفا به داخل و بومی‌سازی آنها
• ایجاد نظام اطلاع‌رسانی تحقیقات (بانک اطلاعات تحقیقات) صنعت آب و آبفا
• ایجاد شرایط مبادله و گردش اطلاعات پژوهشی ( با تأکید بر گردش مجازی)
• ایجاد نظام ارزیابی دقیق اثر بخشی نتایج پژوهشی حاصل از انجام تحقیقات (اجرای یافته‌های پژوهشی)
• انتقال دستاوردهای حاصل از انجام تحقیقات به مراکز علمی- پژوهشی و صنایع مرتبط، از طریق انتشار نتایج پروژه‌های تحقیقاتی انجام شده