سید مرتضی سقائیان نژاد اصفهانی در بهمن ماه سال ۱۳۳۲ به دنیا آمد. در ۱۹ سالگی راهی آمریکا شد و پس از اخذ مدرک کارشناسی و کارشناسی ارشد در رشته برق در سال ۱۳۵۶ به ایران بازگشت و پس از طی مدت کوتاهی کار در شرکت نفت آبادان و سازمان انرژی اتمی به استخدام ذوب‌آهن اصفهان درآمد.
در فروردین ۱۳۵۷ به عضویت هیئت علمی دانشگاه صنعتی اصفهان در آمد و در سال ۱۳۵۸ و پس از تعطیلی دانشگاه در جهاد دانشگاهی به فعالیت مشغول شد و بعد از آن به سمت معاونت اداری و مالی دانشگاه صنعتی اصفهان منصوب شد. در سال ۱۳۶۰ رئیس دانشگاه اصفهان شد و به مدت ۴ سال در این سمت باقی ماند.
در سال ۱۳۶۴ برای ادامه تحصیل به آمریکا رفت و دکتری خود را در رشته مهندسی برق از دانشگاه ایالتی کنتاکی دریافت کرد و در سال ۱۳۶۸ به ایران بازگشت.
سقاییان‌نژاد از سال 13۶۸تا 1376 رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان بود. سقائیان‌نژاد در اردیبهشت سال ۱۳۸۲ به عنوان شهردار اصفهان انتخاب شد و تا سال 1394 در همین سمت بود وی هم اکنون شهردار قم می باشد.